Una vez ingresada la petición o derivación, el centro de mediación designará a un mediador quien invitará por escrito a ambas partes para asistir a la primera audiencia de mediación.  Durante el procedimiento de mediación las partes tendrán las audiencias que estimen pertinentes, con el objetivo de alcanzar un acuerdo.  Al finalizar el procedimiento las partes deberán firmar un acta de acuerdo total, parcial o imposibilidad de acuerdo.  En caso de que no se instaurara el procedimiento de mediación por inasistencia de alguna de las partes, el mediador emitirá una constancia de imposibilidad de mediación.

En caso de que una de las partes dentro del proceso de mediación sea una Institución del sector Público, de conformidad con el numeral b.2 del Artículo 31 del Reglamento del Centro de Mediación de la Procuraduría General del Estado, es mandatorio que deberá presentar los informes: técnico, económico-financiero, jurídico y certificación presupuestaria.